財政部和國家發展改革委分管PPP公共服務領域和傳統基礎設施領域，各自領域PPP操作細則也陸續公布。不過PPP市場人士擔憂，公共服務領域和傳統基礎設施領域界限不清，且兩套操作細則也有所不同，未來兩部委如何協調成為推進PPP工作的一大關鍵。
27日，國家發改委發布了關于印發《傳統基礎設施領域 實施政府和社會資本合作項目工作導則》(下稱PPP工作導則)的通知。在迅速膨脹至十多萬億元PPP市場上，財政部統籌PPP公共服務領域，而國家發改委則統籌PPP傳統基礎設施領域。稍早時候，財政部公布了《政府和社會資本合作項目財政管理暫行辦法》，對公共服務領域PPP項目操作流程予以規范。
這兩份有所區分的PPP操作細則已經引起業內人士擔憂，有市場人士甚至評論稱兩種PPP時代來臨，PPP業內人士擔憂操作難。
PPP專家、大岳咨詢總經理金永祥對第一財經表示，財政部近期文件確認的分管PPP公共服務領域和國家發改委確定分管的PPP基礎設施領域大部分重合。目前兩部委制定的PPP規則不同引起了新的體制問題，建議國務院高度重視。
長期研究PPP的清華大學教授王守清也曾告訴第一財經記者，如果未來不進一步明確界定和劃分“公共服務”和“基礎設施”，還是會給實際操作帶來困難。因為很多基礎設施就是提供公共服務，如提供教育和醫療的教學樓和醫院大樓，有的基礎設施可以跟使用者收費，但很多基礎設施也不能跟使用者收費;像產業新城、海綿城市、智慧城市類項目，本來就是一個整體，沒法區分，區分了也就沒法集成提高效率。
一位不愿具名的地方財政廳PPP官員也對第一財經表示，基礎設施就是提供公共服務，實際操作中也分不出來PPP項目是屬于基礎設施領域，還是公共服務設施領域。
該官員分析，財政、發改兩套細則有一定沖突。比如發改委上述PPP工作導則弱化了財政部力推的物有所值評價和財政可承受能力評價，強調了發改委力推的招投標選擇合作伙伴，而財政部更強調政府采購來選擇社會資本。在實施機構方面，發改委范圍更寬，包括當地政府行業主管部門及其委托的相關單位，而財政部對實施機構限定在政府或其指定的有關職能部門或事業單位。
金永祥表示，發改委PPP工作導則沒有提到物有所值評價和財政可承受能力評價，隱含意味著由可行性研究報告來替代前述兩個評價，這與財政做法完全不同。
另外，金永祥稱，發改委PPP工作導則規定只有通過招投標方式選定的社會資本，在實施過程中采購工程和設備時不需要再招標。這與財政部近期文件沖突，財政部規定通過其他方式選定的社會資本在采購工程和設備時不需要再招標。
在項目庫方面，發改委強調傳統基礎設施項目庫，這作為安排政府投資、確定與調整價格、發行企業債券及享受政府和社會資本合作專項政策的重要依據。而財政部強調PPP項目庫，未入庫項目原則上不得通過財政預算安排支出責任
“以后最擔心的一種情況是，財政的PPP項目，發改委不認，而發改委的PPP項目，財政不能列支。未來PPP政策應該在更高層面上予以統籌，統一政策口徑，方便下面操作。”上述財政官員對第一財經記者稱。
不過，財政部和發改委也非常重視統籌協調合作。今年財政部和發改委聯合發布《關于進一步共同做好政府和社會資本合作(PPP)有關工作的通知》，要求各地要進一步加強部門間的協調配合，形成政策合力，積極推動政府和社會資本合作順利實施。對于涉及多部門職能的政策，要聯合發文;對于僅涉及本部門的政策，出臺前要充分征求其他部門意見，確保政令統一、政策協同、組織高效、精準發力。
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