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        隨著農業產業結構調整和科技水平的提高，新型肥料在農業生產中的應用日益廣泛，其中農用微生物菌劑作為新型肥料有分解土壤養分、刺激作物生長、提高土壤養分含量，同時還能夠產生多種生理活性物質、增強作物抗病和抗逆性、提高作物產量和品質的作用，在農業生產中應用普遍。市場上常見的有硅酸鹽微生物菌劑、根瘤菌菌劑、熒光假單胞桿菌等。
硅酸鹽微生物菌劑
        硅酸鹽細菌一方面由于其生長代謝產生的有機酸類物質，能夠將土壤中難溶性磷鉀和硅溶解出來為作物和菌體本身利用，菌體中富含的鉀在菌死亡后又被作物吸收；另一方面它所產生的激素、氨基酸、多糖等物質促進作物的生長。同時，細菌在土壤中繁殖，抑制其它病原菌的生長。這些都對作物生長、產量提高及品質改善有良好作用。
        硅酸鹽細菌肥料適宜施用的作物種類多，在棉花、煙草、甘薯、水稻、玉米和果樹等上表現出較好的效果，如2011年，北京新禾豐在廣東省新興縣水稻上布置的“施利康（硅酸鹽復合微生物菌劑）”試驗結果顯示，增產幅度可達10％左右，而且抗病、抗倒效果明顯。
豆科根瘤菌菌劑
        根瘤菌與豆科植物具有特殊的互利共生關系，能形成根瘤固定空氣中的氮氣為植物提供營養。根瘤菌的固氮能力，不僅取決于根瘤菌菌種的質量，而且取決于土壤條件和栽培措施。因此，人們不僅要進行根瘤菌拌種，而且要加強農田管理并適時適量地施用磷、鉀肥料和微量元素肥料（如禾豐顆粒硼、禾豐鉬等），只有這樣才能更好地發揮根瘤菌的固氮能力。通過這幾年北京新禾豐在全國各地的“益耕勁（大豆根瘤菌）”、“益耕勁（花生根瘤菌）”試驗結果表明，可以節約30%氮肥，而且能有效抑制豆科作物病害發生，提早成熟。
熒光假單胞桿菌劑
        熒光假單胞菌是一種重要的植物根際促生細菌，大部分都具有防病增產作用，因而可用于植物病害的生物防治。熒光假單胞桿菌產生的抗生素是它們抑制植物病害的重要因素，可預防青枯病、軟腐病、小麥全蝕病、立枯病和枯萎病等多種土傳病害，減少病害發生。另外，熒光假單胞桿菌還可以產生生長素類物質，促進作物根系生長，解決爛根問題。針對近幾年小麥主產區域全蝕病突發問題，“全蝕凈”配合“熒保素（熒光假單胞菌）”拌種預防全蝕病在河南已經取得了不錯的效果。