復合肥具有養分含量高、副成分少、物理性狀好等優點，對于平衡施肥、提高肥料利用率、促進作物的高產穩產有著十分重要的作用。但它也有一些缺點，比如它的養分比例總是固定的，而不同土壤、不同作物所需的營養元素種類、數量和比例是多樣的。因此，施用時應該注意針對性。
因土選用。對微堿性、有機質含量偏低、有效氮和磷缺乏的土壤，一般應選用酸性復合肥，如磷酸一銨或腐植酸類氮磷鉀復合肥、氮磷復合肥為宜；對酸性土壤，有機質含量低的土壤，則應選用堿性復合肥或有機復合肥；富磷或富鉀土壤可選用針對性強的二元復合肥。
因作物選用。一般大田作物選用氮磷復合肥料，小麥或高產噸糧田，應選用氮磷鉀三元復合肥；小麥、水稻等密植作物，適宜用粉狀復合肥；稀植中耕作物如玉米應選用顆粒狀復合肥；蔬菜尤其是果菜和根菜類及果樹等經濟作物需鉀較多，應選用含鉀較高、低氮的氮磷鉀復合肥，不僅增產而且有利于改善作物品質。另外，復合肥料中的鉀有兩種，一種為氯化鉀，另一種為硫酸鉀。氯化鉀對忌氯作物如葡萄、甘薯、馬鈴薯、煙草等千萬不能施用。凡復合肥料袋上沒有標“S”符號的，其鉀皆為氯化鉀型鉀。
因施用方法選用。為提高復合肥的肥效，不同施用方法應選不同劑型復合肥料。作基肥施用時，必須選用顆粒狀復合肥，而且顆粒的硬度愈高愈好，以利延長肥效，同時還要選用復合肥中氮素由銨態氮配成的復合肥，以利提高氮素的利用率。如作追肥施用，則應用粉狀復合肥，以利加快肥效，而且要注意復合肥磷素中的水溶性磷含量應大于40％，氮素由銨態氮和硝態氮兩種類型氮組成的復合肥為宜。
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